(1)能够按照人们的意愿精确修饰/改造基因组;

　　(2)实现基因敲入(knock-in)和条件性基因敲除(conditional gene knock-out);

　　(3)精确制备模拟人类遗传病的动物模型：很多人类的遗传病是致病基因的错义突(missense)造成的，用同源重组的方法可以在斑马鱼中造成相对应的基因突变形式，从而 在基因水平精确模拟人类疾病。

　　此外，跟短片段单链寡聚核苷酸造成的重组修复(Steven Ekker的方法，只能进行小范围修饰)相比，用传统的长双链DNA做同源重组打靶载体至少有以下优点：

　　(1) 能够进行大片段的基因修饰，比如将报告基因(如GFP)整合到内源基因中，或模拟基因较大片段缺失引发的人类遗传病(这种病也有很多)等等;

　　(2)容易检测随机插入(利用接头介导的PCR或Southern杂交技术)，这对于条件性基因敲除尤其重要。因为loxP或FRT这样的短序列插入非特异的位点，有可能引发意想不到的后果，使实验结果难以解释;

　　(3)由于可以进行大片段修饰，使人们有可能一次性插入两个loxP位点，完成条件性基因敲除;短片段单链寡聚核苷酸的方法要分成两步进行，需要两次筛选，加上养殖时间，会耗费更多的精力、时间和空间。